不同的細菌有不同的最適生長溫度和耐熱、耐冷能力。巴氏殺菌設備其實就是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。經巴氏殺菌/消毒后，仍保留了小部分無害或有益、較耐熱的細菌或細菌芽孢，保存了牛奶的營養與天然風味同時，會縮短乳品的保質期。因此，要求巴氏殺菌奶要在4℃左右的溫度下保存，這樣細菌的繁殖就非常慢，牛奶的營養和風味就可在幾天內保持不變。
國際上通用的巴氏高溫消毒法主要有兩種：
方法一：將牛奶加熱到62~65℃，保持30分鐘。采用這一方法，可殺死牛奶中各種生長型致病菌，滅菌效率可達97.3%~99.9%，經消毒后殘留的只是部分嗜熱菌及耐熱性菌以及芽孢等，但這些細菌多數是乳酸菌，乳酸菌不但對人無害反而有益健康。
方法二：將牛奶加熱到75~90℃，保溫15~16秒，其殺菌時間更短，工作效率更高。但殺菌的基本原則是，能將病原菌殺死即可，溫度太高反而會有較多的營養損失。
巴氏殺菌設備使用方法：
1、接通電源，該設備為三相四線，其中一根雙色線為零線(請專業人員進行接線作業，以防對設備造成損壞)；
2、打開電源開關，設定溫度；設定溫度過程為：按SET，按右鍵調適需要調整的位數，按上下鍵設定具體的數值，設定好后再按一次SET鍵確認；
3、打開殺菌開關，設備開始升溫，溫度升到設定值后自動停止；在工作過程中溫度下降升溫自動工作；
4、溫度升到設定值后，打開，網帶開始運行，進行殺菌；
5、網帶運行速度用電器箱內部的變頻器進行調整，旋鈕順時針旋轉為提高速度，反之速度降低；
巴氏殺菌設備使用注意事項：
1、每天工作結束后，應對設備進行清洗。
2、每月應檢查減速機油位及油質，必要時進行加油或換油作業，所用油品為32號汽機油。
3、電氣系統非專業人員禁止開箱。
4、設備移動及重新接線時，應確認電機的轉向，如反轉，則將三相電中的兩相任意兩相倒換。
