乳品滅菌的方法有很多，包括巴氏滅菌，瞬時超高溫滅菌，高溫滅菌等。
巴氏消毒是利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。在現有乳品滅菌工藝中，能更好的保留乳品的營養成分。
瞬時超高溫技術能有效地消滅細菌，同時可保存牛奶原有的營養成分。研究報告顯示，UHT處理對牛奶種乳清蛋白及一些熱敏感維生素具有強烈影響。
UHT超高溫瞬時滅菌奶需要采用新鮮優質的奶源。在進入生產車間后，首先要進行預處理這項特有工藝。原料奶在密封的管道內被加溫至75℃，這樣做是為了把牛奶中的細菌激活，隨后采用超高溫滅菌時效果才能大大提高。因為牛奶如果要做到無菌，原料奶在進行超高溫滅菌之前就必須保證每毫升細菌數不超過3萬，這其實已達到了巴氏飲用奶的標準，但UHT奶的標準更高。
經過預處理的牛奶接下來就要進入UHT超高溫滅菌工藝，這一流程同樣也是在完全密閉無菌的環境下進行的。外部的工作人員通過三次升溫將密閉管道內的牛奶加熱到137℃，并持續幾秒鐘，再迅速冷卻。這樣一來牛奶中的細菌能夠被充分殺滅，但是研究證實, 超高溫滅菌乳的風味不如新鮮的巴氏殺菌乳，風味的差別與加熱強度的差別一樣明顯。巴氏殺菌法對于有用的賴氨酸、維生素B12、葉酸和維生素C的平均損害較小;而超高溫滅菌工藝的損害效果則比較強烈。
乳品包裝選擇
為了保證滅菌后的牛奶長期的安全，必須采用無菌包裝對牛奶進行包裝，保護產品不接觸光線和空氣中的氧，從而在保存牛奶原有營養成分的同時，有效抑制牛奶中微生物的繁殖，使產品達到商業無菌，實現了無需防腐劑，及無需冷鏈的貯存和運輸。
無菌包裝是一個過程，包括包裝材料的選擇和灌裝過程的無菌。一些細心的消費者也許已發現，長期保鮮奶的包裝用的是一種用紙、鋁箔及聚乙烯塑料層復合而成的“綠色”材料。這種材料可有效防止再污染，也可阻擋光、氧氣和微生物的侵入，從而達到保質、保鮮、保營養、更保美味的效果。其次，對經過超高溫（UHT）瞬間滅菌處理，并采用無菌包裝的鮮奶進行無菌灌裝，才能使其在貯存及運輸中均不需要冷藏，當產品到達消費者手上時，其質量和營養價值仍完好無損。
即便在全封閉的環境中經歷了如此嚴格的工序，UHT奶在出廠之前還必須通過保溫試驗工藝，這是國際上比較通用的UHT牛奶質量保證程序。加工生產好的牛奶必須在30℃~35℃的環境中放置七天，七天期滿后一旦發現樣品中有問題出現就必須立即扣留所有的產品，再次擴大抽樣量，直到樣品無任何問題才允許最終出廠，因此UHT牛奶的安全系數是非常高的。
